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机构职能
    办公室
    主要职责:
    负责机关日常运转。承担机关政务、事务、服务事项的组织协调落实工作。承担日常文电办理、文件文稿起草、会议筹备组织、后勤服务保障等工作。承担全盟生态环境信息网建设和管理工作。拟订并组织实施全盟生态环境保护宣传教育纲要,组织开展生态文明建设和环境友好型社会建设的宣传教育工作,承担机关新闻审核和发布,指导生态环境舆情收集、研判、应对工作。
    人事科
    主要职责:
      承担机关、派出机构以及所属单位的机构编制、人事管理、劳动工资、教育培训、目标考核、离退休人员工作。指导全盟生态环境行业人才队伍建设工作,承担全盟生态文明体制改革有关工作。
    科技与财务科
    主要职责:
      承担全盟生态环境领域固定资产投资和项目管理相关工作。承担机关、派出机构以及所属单位财务、国有资产管理、内部审计工作。组织开展生态环境统计、污染源普查工作。承担全盟生态环境科技工作,参与指导和推动循环经济与生态环保产业发展。同时牵头环保服务业和第三产业发展工作。
    自然生态保护与法规科
    主要职责:

      开展全盟生态状况评估,指导生态示范创建。承担全盟自然保护地、生态保护红线相关监管工作。组织开展生物多样性保护、生物遗传资源保护、生物安全管理工作。承担机关规范性文件合法性审查工作,承担机关行政复议、行政应诉等工作。同时牵头公平性竞争审查工作。

    水生态环境科
    主要职责:
      负责全盟地表水生态环境监管工作,拟订和监督实施全盟重点流域生态环境规划,建立和组织实施跨省、盟市界水体断面水质考核制度,监督管理饮用水水源地生态环境保护工作,会同有关部门编制并监督实施水功能区划,监督指导入河排污口设置。承担水污染物排放总量控制工作。
    大气环境科
    主要职责:
      负责全盟大气、噪声、光、化石能源等污染防治的监督管理,建立对旗县市(区)大气环境质量改善目标落实情况考核制度,组织拟订重污染天气应对政策措施,组织协调大气面源污染防治工作。承担大气污染物排放总量控制工作。承担与盟外周边地区大气污染联防联控组织协调工作。组织拟订全盟应对气候变化的规划和政策措施,综合分析气候变化对全盟经济社会发展的影响,落实国家应对气候变化的相关工作,协调开展应对气候变化国际合作和能力建设。组织实施清洁发展机制工作。
    土壤生态环境与固体废物管理科
    主要职责:

      负责全盟土壤、地下水等污染防治和生态保护的监督管理,组织指导全盟农村牧区生态环境保护,监督指导农业面源污染治理工作。承担土壤污染物排放总量控制工作。负责全盟固体废物、化学品、重金属等污染防治的监督管理,组织实施医疗危险废物经营许可和危险废物转移审批。负责对废弃危险化学品等危险废物的收集、储存、处置的监督管理。按要求调查相关危险化学品环境污染事故和生态破坏事件。同时牵头生态环境领域安全相关工作。

    环境影响评价与排放管理科
    主要职责:

      承担全盟规划环境影响评价、政策环境影响评价、项目环境影响评价工作,承担全盟排污许可综合协调和管理工作,组织实施全盟生态环境准入清单。同时牵头优化营商环境、促进中小企业发展、“放管服”改革、互联网+政务服务工作。

    生态环境监测与辐射安全监管科
    主要职责:

      组织开展全盟执法监测、应急监测、污染源在线监测。协调开展生态环境质量监测、污染源监督性监测、温室气体减排监测工作。负责核设施、辐射安全的监督管理和辐射环境事故应急处理。监督管理核设施安全、放射源安全,监督管理核设施、核技术应用、电磁辐射、伴有放射性矿产资源开发利用中的污染防治。负责全盟放射性废物的安全监督管理工作。对放射性物品运输的核与辐射安全实施监督管理。同时牵头智慧环保工作。

    生态环境保护督查科
    主要职责:
      检查指导旗县市(区)生态环境部门落实各级环境保护督察反馈意见整改工作。组织实施建设项目环境保护设施同时设计、同时施工、同时投产使用制度。组织、指导、协调生产安全事故次生突发环境事件的环境应急救援,负责对环境违法企业关停、整改情况进行监督。承担锡林郭勒盟中央环境保护督察反馈意见整改落实工作领导小组办公室日常工作,协调指导全盟生态环境综合执法工作。